España presidirá durante el segundo semestre de 2006 el Grupo de Trabajo Conjunto de Schengen III, cuyo objetivo es reforzar la colaboración en materia antiterrorista, delincuencia transfronteriza e inmigración irregular. Por lo tanto, el ministro del Interior, José Antonio Alonso , coordinará Schengen III durante los meses en los que van a ratificarlo la mayor parte de los países firmantes y empezarán a cumplir sus compromisos en materia de seguridad.

Los trabajos de los expertos se centran en ADN, impresiones dactilares, datos de vehículos, grandes eventos e información terrorista, medidas de retorno en el ámbito de la inmigración y cooperación policial. Los grupos de trabajo de expertos de terrorismo son liderados por España; los de ADN y dactiloscopia por Alemania, los de datos de vehículos por Bélgica, los de medidas de retorno en el ámbito de la inmigración son liderados por Francia y los de cooperación policial los dirige Holanda.

A través del Tratad o, España, Francia, Alemania, Países Bajos, Luxemburgo, Austria y Bélgica se comprometen, en el ámbito del terrorismo, a intercambiar información para la prevención de atentados terroristas, incluyendo la relativa a personas relacionadas con estas actividades, por ejemplo, aquellas que hayan pasado por campos de entrenamiento. Del mismo modo, el Tratado contempla la posible presencia de escolta de seguridad en los vuelos comerciales.